чакры - это модель (абстрактная) для человека. Ваш вопрос в этом смысле, напоминает другой подобный: например, владыки кармы определяют судьбу человека. А кто определяет судьбу микроба? Или: человек - мыслящее существо, и у него внутри органы. Какие органы внутри привидения, которое также может мыслить?
